Liborius Wagner wird am 5. Dezember 1593 im thüringischen Mühlhausen geboren. Sein Vater ist Schneidermeister sowie zeitweilig Zunftobermeister und Ratsherr. Der 5. Dezember ist zugleich der Tauftag des kleinen Liborius. Er ist das erste Kind der Familie Wagner, die nach protestantischem Bekenntnis lebt.
Mühlhausen hatte sich früh (1542) der Lehre der Reformatoren angeschlossen. Kaum 20 Jahre später gab es in Wagners Vaterstadt keine katholische Kirche mehr.
Zunächst geht Wagner in die Lateinschule in Mühlhausen. Mit 19 Jahren nimmt er das Studium der Philosophie (artes liberales) in Leipzig auf. Für dessen Finanzierung sucht Liborius den Rat der Stadt um Unterstützung an. Dem Schreiben legt er ein selbst verfasstes Heilig-Geist-Gedicht bei. In Auslegung dieses Gebetes sprach Bischof Dr. Paul-Werner Scheele über den Seligen von einem Leben „in der Gegenwart des Geistes“. Gottes Geist vertraut der junge Liborius sein Leben, noch nicht wissend, wohin dieser ihn führen würde, mit folgenden Worten an: